Antimicrobial susceptibility profile of Enterobacterales species isolated from blood cultures between 2016-2021

Yeliz Tanrıverdi Çaycı; İlknur Bıyık; Mahmood Youser; Canberk Çınar; Asuman Bırıncı

doi:10.34084/bshr.1665093

Research Article

2016-2021 yılları arasında kan kültürlerinden izole edilen Enterobacterales türlerinin antimikrobiyal duyarlılık profili

Year 2025, Volume: 9 Issue: 1, 25 - 30, 02.05.2025

Yeliz Tanrıverdi Çaycı , İlknur Bıyık , Mahmood Youser Canberk Çınar , Asuman Bırıncı

https://doi.org/10.34084/bshr.1665093

Abstract

Amaç: Kan kültürü, bakteriyemi ve sepsis tanısında altın standarttır. Antimikrobiyal tedavi geciktiğinde, yüksek morbidite ve mortaliteye neden olabilecek ciddi enfeksiyonlar ortaya çıkabilir. Bu çalışmada, 2016-2021 yılları arasında laboratuvara gönderilen kan kültürü örneklerinden izole edilen Enterobacterales izolatlarının dağılımının belirlenmesi ve antibiyotik direnci değişim oranlarının tespit edilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Ocak 2016 - Aralık 2021 tarihleri arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen kan kültürü örneklerinden Enterobacterales üyelerinin dağılımı değerlendirildi. Bakteri türlerinin tanımlanmasında Vitek MS (BioMérieux, Fransa) ve bakterilerin antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinde Vitek2 (BioMérieux, Fransa) Compakt otomatize sistemleri kullanılmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılığının değerlendirilmesinde EUCAST kriterleri kullanılmıştır.
Bulgular: 2016-2021 yılları arasında 2034 Enterobacterales üyesi çalışmaya dahil edilmiştir. Bu izolatların yıldan yıla dağılımı sırasıyla 2019, 2020, 2021, 2016, 2018, 2017 olarak belirlenmiştir. En çok izole edilen ilk üç bakteri sırasıyla Escherichia coli, Klebsiella spp. ve Enterobacter spp. olmuştur. Direnç oranları meropenem için %9,06, imipenem için %8,89 ve ertapenem için %15,67 iken, amikasin ve tigesiklin için sırasıyla %7,57 ve %6,28'dir.
Sonuçlar: Kan dolaşımı enfeksiyonlarına neden olan etkenlerin antibiyotik direnç oranlarının bölgesel farklılıklar göstermesi nedeniyle epidemiyolojik verilerin taranması ve sonuçların raporlanmasının doğru tedavi oranını artıracağı ve mortalite oranını azaltacağı düşünülmektedir.

Keywords

Kan Kültürü, Enterobacterales, Antibiyotik Direnci

References

1. Guh AY, Bulens SN, Mu Y, et al. Epidemiology of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in 7 US communities, 2012-2013. JAMA. 2015;314(14):1479-1487. doi:10.1001/jama.2015.12480.
2. Diekema DJ, Hsueh PR, Mendes RE, et al. The microbiology of bloodstream infection: 20-year trends from the SENTRY antimicrobial surveillance program. Antimicrob Agents Chemother. 2019;63(7):e01011-19. doi: 10.1128/aac.00355-19.
3. Rodríguez-Créixems M, Alcalá L, Muñoz P, et al. Bloodstream infections: evolution and trends in the microbiology workload, incidence, and etiology, 1985-2006. Medicine (Baltimore). 2008;87(4):234-249. doi: 10.1097/MD.0b013e318182119b.
4. Martin GS, Mannino DM, Eaton S, Moss M. The epidemiology of sepsis in the United States from 1979 through 2000. N Engl J Med. 2003;348(16):1546-1554. doi: 10.1056/NEJMoa022139.
5. Balkan II, Aygün G, Aydın S, et al. Blood stream infections due to OXA-48-like carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: treatment and survival. Int J Infect Dis. 2014;26:51-56. doi: 10.1016/j.ijid.2014.05.012.
6. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters Version 11.0. Available from: https://www.eucast.org. Accessed October 24, 2022.
7. Satılmış Ş, Aşgın N. Kan kültüründe sıklıkla izole edilen bakterilerin ve antibiyotik duyarlılık profillerinin yıllara göre dağılımı. ANKEM Derg. 2019;33(3):95-101. doi: 10.5222/ankem.2019.095.
8. Çekin ZK, Behçet M, Avcıoğlu F, et al. Kan kültürü örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik direnç profillerinin incelenmesi. Sağlık Bilim Değer. 2023;13(1):80-86. doi: 10.33631/sabd.1133713.
9. Leal HF, Azevedo J, Silva GEO, et al. Bloodstream infections caused by multidrug-resistant gram-negative bacteria: epidemiological, clinical and microbiological features. BMC Infect Dis. 2019;19(1):609. doi: 10.1186/s12879-019-4265-z.
10. Kumar A, Roberts D, Wood KE, et al. Duration of hypotension before initiation of effective antimicrobial therapy is the critical determinant of survival in human septic shock. Crit Care Med. 2006;34(6):1589-1596. doi: 10.1097/01.CCM.0000217961.75225.E9.
11. Tabah A, Koulenti D, Laupland K, et al. Characteristics and determinants of outcome of hospital-acquired bloodstream infections in intensive care units: the EUROBACT International Cohort Study. Intensive Care Med. 2012;38(12):1930-1945. doi: 10.1007/s00134-012-2695-9.
12. Sligl WI, Dragan T, Smith SW. Nosocomial gram-negative bacteremia in intensive care: epidemiology, antimicrobial susceptibilities, and outcomes. Int J Infect Dis. 2015;37:129-134. doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.ijid.2015.06.024.
13. Yapıcı O, Yapıcı H, Pekintürk NS, et al. Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae izolatlarının immünokromatografik kart test RESIST-3 OKN K-SET ile değerlendirilmesi. Ege Tıp Derg. 2019;58(4):370-374. doi: https://doi.org/10.19161/etd.664703.
14. Aksöz S, Özsüt H. Febril nötropenik ataklarda kan kültüründe üreyen bakteriler mutlaka kombine tedavi gerektiriyor mu?. Maltepe Tıp Derg. 2021;13(1):5-12. doi: https://doi.org/10.35514/mtd.2021.40.
15. Aygar İS, Yapalak ZL, Akyüz AK, Atılan K, Tekin K. Yoğun bakım ünitelerinden beş yıllık bir analiz: kan kültürlerinden soyutlanan Escherichia coli antibiyotik direnci ne durumda?. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2023;53(2):265-272. doi: 10.54453/TMCD.2023.40412.
16. World Health Organization (WHO)/Europe. Central Asian and European Surveillance of Antimicrobial Resistance: Annual report 2020. Available from: https://www.euro.who.int/__data/assets/pdf_file/0003/469200/Central-Asian-and European-Surveillance-of-Antimicrobial-Resistance.-Annual-report-2020-eng.pdf. Accessed October 24, 2022.

Antimicrobial susceptibility profile of Enterobacterales species isolated from blood cultures between 2016-2021

Year 2025, Volume: 9 Issue: 1, 25 - 30, 02.05.2025

Yeliz Tanrıverdi Çaycı , İlknur Bıyık , Mahmood Youser Canberk Çınar , Asuman Bırıncı

https://doi.org/10.34084/bshr.1665093

Abstract

Aim: Blood culture is the gold standard in the diagnosis of bacteraemia and sepsis. When antimicrobial treatment is delayed, severe infections may occur, which may cause high morbidity and mortality. We aimed to determine the distribution of Enterobacterales isolates and their antimicrobial susceptibility profile from blood culture samples sent to the laboratory between 2016 and 2021.
Material and Method:
Enterobacterales isolated from blood culture samples sent to Ondokuz Mayis University Medical Microbiology laboratory between January 2016 and December 2021 was enrolled in the study. Vitek MS (BioMérieux, France) was used for identification of bacterial species and Vitek2 (BioMérieux, France) Compakt automated system were used for determination of antibiotic susceptibility of bacteria. EUCAST criteria were used for the evaluation of antibiotic susceptibility of the isolates.
Results: The most three isolated bacteria were Escherichia coli, Klebsiella spp. and Enterobacter spp. respectively. The resistance rates were 9.06% for meropenem, 8.89% for imipenem and 15.67% for ertapenem, 7.57% and 6.28% for amikacin and tigecycline, respectively.
Conclusion: Since the antibiotic resistance rates of the agents causing bloodstream infections show regional differences, it is thought that screening epidemiological data and reporting the results will increase the correct treatment rate and decrease the mortality rate.

Keywords

Blood Culture, Enterobacterales, Antibiotic Resistance

Ethical Statement

The study was approved by the ethics committee.

References

1. Guh AY, Bulens SN, Mu Y, et al. Epidemiology of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in 7 US communities, 2012-2013. JAMA. 2015;314(14):1479-1487. doi:10.1001/jama.2015.12480.
2. Diekema DJ, Hsueh PR, Mendes RE, et al. The microbiology of bloodstream infection: 20-year trends from the SENTRY antimicrobial surveillance program. Antimicrob Agents Chemother. 2019;63(7):e01011-19. doi: 10.1128/aac.00355-19.
3. Rodríguez-Créixems M, Alcalá L, Muñoz P, et al. Bloodstream infections: evolution and trends in the microbiology workload, incidence, and etiology, 1985-2006. Medicine (Baltimore). 2008;87(4):234-249. doi: 10.1097/MD.0b013e318182119b.
4. Martin GS, Mannino DM, Eaton S, Moss M. The epidemiology of sepsis in the United States from 1979 through 2000. N Engl J Med. 2003;348(16):1546-1554. doi: 10.1056/NEJMoa022139.
5. Balkan II, Aygün G, Aydın S, et al. Blood stream infections due to OXA-48-like carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: treatment and survival. Int J Infect Dis. 2014;26:51-56. doi: 10.1016/j.ijid.2014.05.012.
6. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters Version 11.0. Available from: https://www.eucast.org. Accessed October 24, 2022.
7. Satılmış Ş, Aşgın N. Kan kültüründe sıklıkla izole edilen bakterilerin ve antibiyotik duyarlılık profillerinin yıllara göre dağılımı. ANKEM Derg. 2019;33(3):95-101. doi: 10.5222/ankem.2019.095.
8. Çekin ZK, Behçet M, Avcıoğlu F, et al. Kan kültürü örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik direnç profillerinin incelenmesi. Sağlık Bilim Değer. 2023;13(1):80-86. doi: 10.33631/sabd.1133713.
9. Leal HF, Azevedo J, Silva GEO, et al. Bloodstream infections caused by multidrug-resistant gram-negative bacteria: epidemiological, clinical and microbiological features. BMC Infect Dis. 2019;19(1):609. doi: 10.1186/s12879-019-4265-z.
10. Kumar A, Roberts D, Wood KE, et al. Duration of hypotension before initiation of effective antimicrobial therapy is the critical determinant of survival in human septic shock. Crit Care Med. 2006;34(6):1589-1596. doi: 10.1097/01.CCM.0000217961.75225.E9.
11. Tabah A, Koulenti D, Laupland K, et al. Characteristics and determinants of outcome of hospital-acquired bloodstream infections in intensive care units: the EUROBACT International Cohort Study. Intensive Care Med. 2012;38(12):1930-1945. doi: 10.1007/s00134-012-2695-9.
12. Sligl WI, Dragan T, Smith SW. Nosocomial gram-negative bacteremia in intensive care: epidemiology, antimicrobial susceptibilities, and outcomes. Int J Infect Dis. 2015;37:129-134. doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.ijid.2015.06.024.
13. Yapıcı O, Yapıcı H, Pekintürk NS, et al. Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae izolatlarının immünokromatografik kart test RESIST-3 OKN K-SET ile değerlendirilmesi. Ege Tıp Derg. 2019;58(4):370-374. doi: https://doi.org/10.19161/etd.664703.
14. Aksöz S, Özsüt H. Febril nötropenik ataklarda kan kültüründe üreyen bakteriler mutlaka kombine tedavi gerektiriyor mu?. Maltepe Tıp Derg. 2021;13(1):5-12. doi: https://doi.org/10.35514/mtd.2021.40.
15. Aygar İS, Yapalak ZL, Akyüz AK, Atılan K, Tekin K. Yoğun bakım ünitelerinden beş yıllık bir analiz: kan kültürlerinden soyutlanan Escherichia coli antibiyotik direnci ne durumda?. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2023;53(2):265-272. doi: 10.54453/TMCD.2023.40412.
16. World Health Organization (WHO)/Europe. Central Asian and European Surveillance of Antimicrobial Resistance: Annual report 2020. Available from: https://www.euro.who.int/__data/assets/pdf_file/0003/469200/Central-Asian-and European-Surveillance-of-Antimicrobial-Resistance.-Annual-report-2020-eng.pdf. Accessed October 24, 2022.

There are 16 citations in total.

Details

Primary Language	English
Subjects	Infectious Agents
Journal Section	Research Article
Authors	Yeliz Tanrıverdi Çaycı 0000-0002-9251-1953 İlknur Bıyık 0000-0002-3247-883X Mahmood Youser 0009-0000-9772-6948 Canberk Çınar 0000-0002-8355-7749 Asuman Bırıncı 0000-0002-8653-4710
Early Pub Date	May 9, 2025
Publication Date	May 2, 2025
Submission Date	March 27, 2025
Acceptance Date	April 15, 2025
Published in Issue	Year 2025 Volume: 9 Issue: 1

Cite

AMA	Tanrıverdi Çaycı Y, Bıyık İ, Youser M, Çınar C, Bırıncı A. Antimicrobial susceptibility profile of Enterobacterales species isolated from blood cultures between 2016-2021. J Biotechnol and Strategic Health Res. May 2025;9(1):25-30. doi:10.34084/bshr.1665093