Research Article
BibTex RIS Cite

Detection and partial molecular characterization of sharka disease (plum pox virus=PPV) on stone fruit trees in Marmara Region

Year 2025, Volume: 29 Issue: 2, 255 - 268, 16.06.2025

Nesrin Uzunoğulları , Serkan Önder

https://doi.org/10.29050/harranziraat.1643402

Abstract

Plum pox virus (PPV), the causal agent of sharka disease, was first detected in 1969 in plum trees in Edirne province, located in the Thrace region in Türkiye. In subsequent years, it was also identified in the Aegean, Marmara, Eastern Anatolia, Central Anatolia, Mediterranean, and Black Sea regions. PPV, which causes sharka disease, is a significant pathogen listed in both domestic and international quarantine lists in Türkiye. This study was conducted in 2014 and 2015 to determine the presence of PPV in the Marmara region, specifically in the provinces of Bursa, Edirne, Bilecik, and Kocaeli. A total of 220 leaf samples from stone fruit trees (90 plum, 1 cherry, and 129 peach/nectarine) were collected and analyzed using serological (DAS-ELISA) and molecular (Real-time PCR) methods. It was found that 17.1% of the plum tree samples and 9.3% of the peach/nectarine tree samples were infected with PPV. Additionally, phylogenetic analysis of selected isolates was performed, revealing nucleotide homologies ranging from 81.43% to 99.44%, and it was determined that the isolates belonged to the Marcus strain of PPV. All trees in the orchards where the pathogen was detected were uprooted and eradicated.

Keywords

Sharka disease PPV-M DAS-ELISA Marmara Region Phylogeny

References

  • Akbaş, B., Değirmenci, K., Çiftçi, O., Kaya, A., Yurtmen, M., Uzunoğullari, N., ... & Türkölmez, Ş. (2011). Update on Plum pox virus distribution in Turkey. Phytopathologia Mediterranea, 50(1), 75-83.
  • Anonim 2017. Şarka virüsü, plum pox potyvirus-PPV sürvey talimatı. https://www.tarimorman.gov.tr/Konu/943/Survey (Erişim tarihi: 14.04.2025)
  • Anonim 2022. Fidancılık Sektör Analizi ve Geliştirme Raporu. https://fuab.org.tr/yukleme/fidancilik-sektor-analiz-ve-gelistirme-raporu-2022.pdf (Erişim tarihi: 17.04.2025)
  • Anonim, (2024a). Bitki Hastalıkları ve Yabancı Otlar Zirai Mücadele Teknik Talimatları. Tarım ve Orman Bakanlığı web sayfasından erişildi: https://www.tarimorman.gov.tr/TAGEM/Belgeler/yayin/Bitki%20Hastal%C4%B1klar%C4%B1%20Zirai%20M%C3%BCcadele%20Teknik%20Talimatlar%C4%B1.pdf
  • Anonim, (2024b). 2024 Yılı Bitki Sağlığı Uygulama Programı. Tarım ve Orman Bakanlığı web sayfasından erişildi: https://www.tarimorman.gov.tr/GKGM/Belgeler/DB_Bitki_Sagligi/Bitki_Sagligi_Uygulama_Kitaplari/2024_Bitki_Sagligi_Uygulama_Programi.pdf
  • Barba, M., Hadidi, A., Candresse, T., Cambra, M. (2011). Plum pox virus. In: Hadidi A, Barba M, Candresse T, Jelkmann W (eds) Virus and viruslike diseases of pome and stone fruits. The American Phytopathological Society Press, St. Paul, USA, pp 185–197.
  • Birişik, N., Morca, A. F., Erilmez, S., Çiftçi, O., Yurtmen, M., Uzunoğullari, N., ... & Öntepeli, M. L. (2021). Assessment of a six-year national survey and eradication program for Plum pox virus in Turkey. Plant Protection Bulletin/Bitki Koruma Bülteni, 61(2).
  • Cambra, M., Capote, N., Myrta, A., Llácer, G. (2006). Plum pox virus and the estimated costs associated with sharka disease, EPPO Bulletin, 36, 202-204.
  • Candresse, T., Svanella-Dumas, L., Gentit, P., Çaglayan, K., & Çevik, B. (2007). First report of the presence of Plum pox virus Rec strain in Türkiye. Plant Disease, 91, 331.
  • Ceylan, A., Gürcan, K., Akbulut, M., Ghaderi, M. (2014). Kayseri’de yüksek şarka enfeksiyonu. Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 30(2): 80-85.
  • Chirkov, S., Ivanov, P., Sheveleva, A., Kudryavtseva, A., & Mitrofanova, I. (2018). Molecular characterization of Plum pox virus Rec isolates from Rusya suggests a new insight into evolution of the strain. Virus genes, 54, 328-332.
  • Clark, M. F., & Adams, A. (1977). Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses. Journal of general virology, 34(3), 475-483.
  • Conti, M., E. Loisoni E.L. Giunchedi. (1985). La Sharka delle drupaceae estratto da l’Italia. Agricolo Anno 122, 22: 183-193.
  • Coşkan, S., Morca, A. F., Akbaş, B., Çelik, A., & Santosa, A. I. (2022). Comprehensive surveillance and population study on plum pox virus in Ankara Province of Turkey. Journal of Plant Diseases and Protection, 129(4), 981-991.
  • Çağlayan, K., Ulubaş Serçe, C., & Gazel, M. (2013). Fourthy-five years of sharka disease in Turkey. In II International Symposium on Plum Pox Virus 1063 (pp. 41-45).
  • Çelik, N., & Kütük, B. T. (2013). Antalya ilinde şarka virüs hastalığının belirlenmesi. Derim, 30(2), 1-10.
  • Çelik, A., Santosa, A. I., & Ertunç, F. (2022). The monitoring of plum pox virus in Bursa, Bilecik, and Bolu provinces of Turkey refined MIs status as a variant of strain M. Archives of Phytopathology and Plant Protection, 55(7), 874-885.
  • Deligöz, İ., Değirmenci, K., & Sökmen, M. (2015). Samsun ilinde sert çekirdekli meyve türlerinde Şarka hastalığı etmeninin (Plum pox virus) belirlenmesi. Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi, 30(3), 227-235.
  • Desvignes, J. C. (1999). Virus Diseases Of Fruit Trees, CTIFL, Paris, France.
  • Dallot, S., Gottwald, T., Labonne, G., & Quiot, J. B. (2004). Factors affecting the spread of Plum pox virus strain M in peach orchards subjected to roguing in France. Phytopathology, 94(12), 1390-1398.
  • Elibüyük, İ.Ö. (2003). Natural spread of Plum pox virus in Ankara, Turkey. Journal of Phytopathology, 151(11‐12), 617-619.
  • Elibüyük, I.Ö. (2004). Current situation of sharka disease in Ankara, Türkiye. Phytoparasitica, 32(4): 417 420.
  • Glasa, M., Palkovics, L., Komínek, P., Labonne, G., Pittnerová, S., Kudela, O., ... & Šubr, Z. (2004). Geographically and temporally distant natural recombinant isolates of Plum pox virus (PPV) are genetically very similar and form a unique PPV subgroup. Journal of General Virology, 85(9), 2671-2681.
  • Glasa, M., Prikhodko, Y., Predajňa, L., Nagyová, A., Shneyder, Y., Zhivaeva, T., ... & Candresse, T. (2013). Characterization of sour cherry isolates of Plum pox virus from the Volga basin in Rusya reveals a new cherry strain of the virus. Phytopathology, 103(9), 972-979.
  • Gümüş, M., Paylan, I. C., Matic, S., Myrta, A., Sipahioglu, H. M., & Erkan, S. (2007). Occurrence and distribution of stone fruit viruses and viroids in commercial plantings of Prunus species in western Anatolia, Turkey. Journal of Plant Pathology, 265-268.
  • Gürcan, K., & Ceylan, A. (2016). Strain identification and sequence variability of plum pox virus in Turkey. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 40(5), 746-760.
  • Gürcan, K. (2017). Bursa’da plum pox virus (Şarka)'ün yaygınlığının ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesi. Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi, 32(1), 1-15.
  • Gürcan, K., Teber, S., & Çağlayan, K. (2019). Further investigation of a genetically divergent group of plum pox virus-M strain in Turkey. Journal of Plant Pathology, 101, 385-391.
  • Hoang, D.T., Chernomor, O., Haeseler, A.V., Minh, B.Q., Vinh, L.S. (2018) UFBoot2: Improving the ultrafast bootstrap approximation. Mol. Biol. Evol., 35, 518–522.
  • James, D., & Varga, A. (2005). Nucleotide sequence analysis of Plum pox virus isolate W3174: evidence of a new strain. Virus Research, 110(1-2), 143-150.
  • Kalyaanamoorthy, S.; Mınh, B.Q.; Wong, T.K.F.; Haeseler, A.V.; Jermıın. (2017) L.S. Model Finder: Fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nat. Methods, 14, 587–589.
  • Kerlan, C., & Dunez, J. (1979). Biological and serological differentiation of strains of sharka virus.
  • Koç, G., & Baloglu, S. (2006). Disease note first report of sharka in the Çukurova region of Turkey. Journal of Plant Pathology, 88(3), 65-70.
  • Levy, L., Damsteegt, V., & Welliver, R. (2000). First report of Plum pox virus (Sharka disease) in Prunus persica in the United States. Plant Disease, 84(2), 202-202.
  • Morca, A. F., Coşkan, S., & Çelik, A. (2021). Burdur ilinde Plum pox virus’ un tespiti ve kısmi kılıf protein geninin moleküler karakterizasyonu. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım ve Doğa Dergisi, 24(4), 805-814.
  • Minh, B.Q., Schmıdt, H.A., Chernomor, O., Schrempf, D., Woodhams, M.D., Haeseler, A.V., Lanfear, R. (2020) IQ-TREE 2: New Models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era. Mol. Biol. Evol., 37, 1530–1534.
  • Muhire, B. M., Varsani, A., & Martin, D. P. (2014). SDT: a virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PloS one, 9(9), e108277.
  • Myrta A., Di Terlizzi B., Savino V., Martelli G.P., 2006. Control and monitoring: monitoring and eradication of sharka in south‐east Italy over 15 years. EPPO Bulletin, 36 (2), 309-311.
  • Nemchinov, L., & Hadidi, A. (1996). Characterization of the sour cherry strain of plum pox virus. Phytopathology, 86(6), 575-580.
  • Nemeth, M., (1986). Virus, Mycoplasma and Rickettsia Diseases of Fruit Trees. Martinus Nijhoff, Dr. W. Junk Publishers, Hungary.Pp: 841.
  • Palmisano, F., Boscia, D., Minafra, A., Myrta, A., Candresse, T. (2012). An atypical Albanian isolate of Plum pox virus could be the progenitor of the Marcus strain. Proceedings of the 22nd International Conference on Virus and Other Transmissible Diseases of Fruit Crops” (ICVF) (Rome, 2012-06-03/08).
  • Rimbaud, L., Dallot, S., Delaunay, A., Borron, S., Soubeyrand, S., Thébaud, G., Jacquot, E. (2015a). Vektör kaynaklı hastalıklar için kuluçka ve latent dönemler arasındaki uyumsuzluğun değerlendirilmesi: Sharka örneği. Fitopatoloji 105 , 1408-1416.
  • Rimbaud, L., Dallot, S., Gottwald, T., Decroocq, V., Jacquot, E., Soubeyrand, S., Thébaud, G. (2015b). Sharka epidemiyolojisi ve dünya çapında yönetim stratejileri: Çok yıllık bitkilerde hastalık kontrolünü optimize etmek için dersler çıkarmak. Yıllık Fitopatoloji İncelemeleri 53 , 357-378.
  • Saydam, C., Arslan, Ü., Ersoy, F., & Elibüyük, İ. Ö. (2018). Bursa ilinde şarka hastalığının (Plum pox virus) yaygınlığının belirlenmesi. Plant Protection Bulletin, 58(1), 1-7.
  • Scholthof, K.B., Adkins, S., Czosnek, H., Palukaitis, P., Jacquot, E., Hohn, T., Hohn, B., Saunders, K., Candresse, T., Ahlquist, P., Hemenway, C., Foster, G.D. (2011). Top 10 plant viruses in molecular plant pathology. Mol Plant P. 12: 938-954.
  • Sertkaya, G., Serçe, Ç. U., & Çağlayan, K. (2003). Detection and characterization of Plum pox potyvirus (PPV) by DAS-ELISA and RT-PCR/RFLP analysis in Türkiye. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 27(4), 213-220.
  • Şahtiyancı,Ş., (1969). Virus de la Sharka Chesla Prunier. Bulletin Phytosanitary FAO, 17: 69
  • Teber, S., Gürcan, K., Brevet, M., Palmisano, F., Candresse, T., & Dallot, S. (2023). High genetic diversity suggests a long evolutionary history of plum pox virus‐M in Turkey. Plant Pathology, 72(2), 300-311.
  • Türkiye İstatistik Kurumu (TÜİK), (2024). “Bitkisel Üretim İstatistikleri”. Türkiye İstatistik Kurumu web sayfasından erişildi: https://data.tuik.gov.tr/Bulten/Index?p=Bitkisel-Uretim-Istatistikleri-2024-53447 (Erişim tarihi: 13 Eylül 2024).
  • Ulubaş Serçe, Ç., Candresse, T., Svanella-Dumas, L., Krizbai, L., Gazel, M., & Çağlayan, K. (2009). Further characterization of a new recombinant group of Plum pox virus isolates, PPV-T, found in orchards in the Ankara province of Türkiye. Virus Research, 142(1-2), 121-126.
  • Ulubaş Serçe, U., Gazel, M., Çağlayan, K. (2011). Plum pox virus streynlerinin Türkiye’deki Dağılımı (Distribution of Plum pox virus strains in Türkiye). Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi Bildirileri, Kahramanmaraş, s72.
  • Welliver R., Valley K., Richwine N., Clement G., Albright D., 2014. Expelling a Plant Pest Invader: The Pennsylvania Plum Pox Eradication Program, A Case Study in Regulatory Cooperation. Pennsylvania Department of Agriculture, Harrisburg, PA. 48 p. https://www.agriculture.pa.gov/ Plants_ Land_Water/PlantIndustry/plant-health/PlumPox/ Documents/PA%20PPV%20Eradication%2 09-2014.pdf (Erişim tarihi: 27.04.2021)
  • Wetzel, T., Candresse, T., Macquaire, G., Ravelonandro, M., & Dunez, J. (1992). A highly sensitive immunocapture polymerase chain reaction method for plum pox potyvirus detection. Journal of Virological methods, 39(1-2), 27-37.

Marmara bölgesinde sert çekirdekli meyve ağaçlarında şarka hastalığının (plum pox virus=PPV) tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Year 2025, Volume: 29 Issue: 2, 255 - 268, 16.06.2025

Nesrin Uzunoğulları , Serkan Önder

https://doi.org/10.29050/harranziraat.1643402

Abstract

Türkiye’de Şarka hastalığı ilk kez 1969 yılında Trakya Bölgesi’nde bulunan Edirne ilindeki erik ağaçlarında tespit edilmiştir. Daha sonraki yıllarda Ege, Marmara, Doğu Anadolu, İç Anadolu, Akdeniz ve Karadeniz Bölgelerinde de rapor edilmiştir. Şarka hastalığına neden olan plum pox virus (PPV) ülkemizde iç ve dış karantina listesinde yer alan önemli bir patojendir. Bu çalışma, Marmara Bölgesi'nde Bursa, Edirne, Bilecik ve Kocaeli illerinde PPV’nin varlığını belirlemek amacıyla 2014 ve 2015 yıllarında yapılmıştır. Sert çekirdekli meyve ağaçlarından 220 yaprak örneği (90 erik, 1 kiraz, 129 şeftali ve nektarin) toplanarak serolojik (DAS-ELISA) ve moleküler (Real-time PCR) yöntemlerle analiz edilmiştir. Erik ağaçlarına ait örneklerin % 17.1’inin, şeftali/nektarin ağaçlarına ait örneklerin ise % 9.3’ünün PPV ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca seçilen izolatların filogenetik analizleri gerçekleştirilmiş olup nükleotid homolojilerinin %81,43 - %99,44 aralığında olduğu ve izolatların PPV’nin Marcus ırkına ait olduğu belirlenmiştir. Hastalık etmeninin belirlendiği bahçelerdeki ağaçların tümü sökülerek imha edilmiştir.

Keywords

PPV-M DAS-ELISA Filogeni Marmara bölgesi Şarka hastalığı

Ethical Statement

Bu çalışma Antalya’da gerçekleştirilen “3rd International Symposium on Plum Pox Virus” etkinliğinde poster bildiri olarak sunulmuş ve sempozyum kitapçığında özet metin olarak yer almıştır. Yazarlar aralarında herhangi bir çıkar çatışması bulunmadığını beyan ederler.

Thanks

Çalışmada emeği geçen Bursa (Gürsu, İnegöl, Kestel, Orhangazi, İznik, Karacabey, Mudanya), Bilecik (Osmaneli), Kocaeli (Gölcük), Edirne Tarım Orman İl ve İlçelerinde görevli personele teşekkür ederiz.

References

  • Akbaş, B., Değirmenci, K., Çiftçi, O., Kaya, A., Yurtmen, M., Uzunoğullari, N., ... & Türkölmez, Ş. (2011). Update on Plum pox virus distribution in Turkey. Phytopathologia Mediterranea, 50(1), 75-83.
  • Anonim 2017. Şarka virüsü, plum pox potyvirus-PPV sürvey talimatı. https://www.tarimorman.gov.tr/Konu/943/Survey (Erişim tarihi: 14.04.2025)
  • Anonim 2022. Fidancılık Sektör Analizi ve Geliştirme Raporu. https://fuab.org.tr/yukleme/fidancilik-sektor-analiz-ve-gelistirme-raporu-2022.pdf (Erişim tarihi: 17.04.2025)
  • Anonim, (2024a). Bitki Hastalıkları ve Yabancı Otlar Zirai Mücadele Teknik Talimatları. Tarım ve Orman Bakanlığı web sayfasından erişildi: https://www.tarimorman.gov.tr/TAGEM/Belgeler/yayin/Bitki%20Hastal%C4%B1klar%C4%B1%20Zirai%20M%C3%BCcadele%20Teknik%20Talimatlar%C4%B1.pdf
  • Anonim, (2024b). 2024 Yılı Bitki Sağlığı Uygulama Programı. Tarım ve Orman Bakanlığı web sayfasından erişildi: https://www.tarimorman.gov.tr/GKGM/Belgeler/DB_Bitki_Sagligi/Bitki_Sagligi_Uygulama_Kitaplari/2024_Bitki_Sagligi_Uygulama_Programi.pdf
  • Barba, M., Hadidi, A., Candresse, T., Cambra, M. (2011). Plum pox virus. In: Hadidi A, Barba M, Candresse T, Jelkmann W (eds) Virus and viruslike diseases of pome and stone fruits. The American Phytopathological Society Press, St. Paul, USA, pp 185–197.
  • Birişik, N., Morca, A. F., Erilmez, S., Çiftçi, O., Yurtmen, M., Uzunoğullari, N., ... & Öntepeli, M. L. (2021). Assessment of a six-year national survey and eradication program for Plum pox virus in Turkey. Plant Protection Bulletin/Bitki Koruma Bülteni, 61(2).
  • Cambra, M., Capote, N., Myrta, A., Llácer, G. (2006). Plum pox virus and the estimated costs associated with sharka disease, EPPO Bulletin, 36, 202-204.
  • Candresse, T., Svanella-Dumas, L., Gentit, P., Çaglayan, K., & Çevik, B. (2007). First report of the presence of Plum pox virus Rec strain in Türkiye. Plant Disease, 91, 331.
  • Ceylan, A., Gürcan, K., Akbulut, M., Ghaderi, M. (2014). Kayseri’de yüksek şarka enfeksiyonu. Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 30(2): 80-85.
  • Chirkov, S., Ivanov, P., Sheveleva, A., Kudryavtseva, A., & Mitrofanova, I. (2018). Molecular characterization of Plum pox virus Rec isolates from Rusya suggests a new insight into evolution of the strain. Virus genes, 54, 328-332.
  • Clark, M. F., & Adams, A. (1977). Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses. Journal of general virology, 34(3), 475-483.
  • Conti, M., E. Loisoni E.L. Giunchedi. (1985). La Sharka delle drupaceae estratto da l’Italia. Agricolo Anno 122, 22: 183-193.
  • Coşkan, S., Morca, A. F., Akbaş, B., Çelik, A., & Santosa, A. I. (2022). Comprehensive surveillance and population study on plum pox virus in Ankara Province of Turkey. Journal of Plant Diseases and Protection, 129(4), 981-991.
  • Çağlayan, K., Ulubaş Serçe, C., & Gazel, M. (2013). Fourthy-five years of sharka disease in Turkey. In II International Symposium on Plum Pox Virus 1063 (pp. 41-45).
  • Çelik, N., & Kütük, B. T. (2013). Antalya ilinde şarka virüs hastalığının belirlenmesi. Derim, 30(2), 1-10.
  • Çelik, A., Santosa, A. I., & Ertunç, F. (2022). The monitoring of plum pox virus in Bursa, Bilecik, and Bolu provinces of Turkey refined MIs status as a variant of strain M. Archives of Phytopathology and Plant Protection, 55(7), 874-885.
  • Deligöz, İ., Değirmenci, K., & Sökmen, M. (2015). Samsun ilinde sert çekirdekli meyve türlerinde Şarka hastalığı etmeninin (Plum pox virus) belirlenmesi. Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi, 30(3), 227-235.
  • Desvignes, J. C. (1999). Virus Diseases Of Fruit Trees, CTIFL, Paris, France.
  • Dallot, S., Gottwald, T., Labonne, G., & Quiot, J. B. (2004). Factors affecting the spread of Plum pox virus strain M in peach orchards subjected to roguing in France. Phytopathology, 94(12), 1390-1398.
  • Elibüyük, İ.Ö. (2003). Natural spread of Plum pox virus in Ankara, Turkey. Journal of Phytopathology, 151(11‐12), 617-619.
  • Elibüyük, I.Ö. (2004). Current situation of sharka disease in Ankara, Türkiye. Phytoparasitica, 32(4): 417 420.
  • Glasa, M., Palkovics, L., Komínek, P., Labonne, G., Pittnerová, S., Kudela, O., ... & Šubr, Z. (2004). Geographically and temporally distant natural recombinant isolates of Plum pox virus (PPV) are genetically very similar and form a unique PPV subgroup. Journal of General Virology, 85(9), 2671-2681.
  • Glasa, M., Prikhodko, Y., Predajňa, L., Nagyová, A., Shneyder, Y., Zhivaeva, T., ... & Candresse, T. (2013). Characterization of sour cherry isolates of Plum pox virus from the Volga basin in Rusya reveals a new cherry strain of the virus. Phytopathology, 103(9), 972-979.
  • Gümüş, M., Paylan, I. C., Matic, S., Myrta, A., Sipahioglu, H. M., & Erkan, S. (2007). Occurrence and distribution of stone fruit viruses and viroids in commercial plantings of Prunus species in western Anatolia, Turkey. Journal of Plant Pathology, 265-268.
  • Gürcan, K., & Ceylan, A. (2016). Strain identification and sequence variability of plum pox virus in Turkey. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 40(5), 746-760.
  • Gürcan, K. (2017). Bursa’da plum pox virus (Şarka)'ün yaygınlığının ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesi. Anadolu Tarım Bilimleri Dergisi, 32(1), 1-15.
  • Gürcan, K., Teber, S., & Çağlayan, K. (2019). Further investigation of a genetically divergent group of plum pox virus-M strain in Turkey. Journal of Plant Pathology, 101, 385-391.
  • Hoang, D.T., Chernomor, O., Haeseler, A.V., Minh, B.Q., Vinh, L.S. (2018) UFBoot2: Improving the ultrafast bootstrap approximation. Mol. Biol. Evol., 35, 518–522.
  • James, D., & Varga, A. (2005). Nucleotide sequence analysis of Plum pox virus isolate W3174: evidence of a new strain. Virus Research, 110(1-2), 143-150.
  • Kalyaanamoorthy, S.; Mınh, B.Q.; Wong, T.K.F.; Haeseler, A.V.; Jermıın. (2017) L.S. Model Finder: Fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nat. Methods, 14, 587–589.
  • Kerlan, C., & Dunez, J. (1979). Biological and serological differentiation of strains of sharka virus.
  • Koç, G., & Baloglu, S. (2006). Disease note first report of sharka in the Çukurova region of Turkey. Journal of Plant Pathology, 88(3), 65-70.
  • Levy, L., Damsteegt, V., & Welliver, R. (2000). First report of Plum pox virus (Sharka disease) in Prunus persica in the United States. Plant Disease, 84(2), 202-202.
  • Morca, A. F., Coşkan, S., & Çelik, A. (2021). Burdur ilinde Plum pox virus’ un tespiti ve kısmi kılıf protein geninin moleküler karakterizasyonu. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım ve Doğa Dergisi, 24(4), 805-814.
  • Minh, B.Q., Schmıdt, H.A., Chernomor, O., Schrempf, D., Woodhams, M.D., Haeseler, A.V., Lanfear, R. (2020) IQ-TREE 2: New Models and efficient methods for phylogenetic inference in the genomic era. Mol. Biol. Evol., 37, 1530–1534.
  • Muhire, B. M., Varsani, A., & Martin, D. P. (2014). SDT: a virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PloS one, 9(9), e108277.
  • Myrta A., Di Terlizzi B., Savino V., Martelli G.P., 2006. Control and monitoring: monitoring and eradication of sharka in south‐east Italy over 15 years. EPPO Bulletin, 36 (2), 309-311.
  • Nemchinov, L., & Hadidi, A. (1996). Characterization of the sour cherry strain of plum pox virus. Phytopathology, 86(6), 575-580.
  • Nemeth, M., (1986). Virus, Mycoplasma and Rickettsia Diseases of Fruit Trees. Martinus Nijhoff, Dr. W. Junk Publishers, Hungary.Pp: 841.
  • Palmisano, F., Boscia, D., Minafra, A., Myrta, A., Candresse, T. (2012). An atypical Albanian isolate of Plum pox virus could be the progenitor of the Marcus strain. Proceedings of the 22nd International Conference on Virus and Other Transmissible Diseases of Fruit Crops” (ICVF) (Rome, 2012-06-03/08).
  • Rimbaud, L., Dallot, S., Delaunay, A., Borron, S., Soubeyrand, S., Thébaud, G., Jacquot, E. (2015a). Vektör kaynaklı hastalıklar için kuluçka ve latent dönemler arasındaki uyumsuzluğun değerlendirilmesi: Sharka örneği. Fitopatoloji 105 , 1408-1416.
  • Rimbaud, L., Dallot, S., Gottwald, T., Decroocq, V., Jacquot, E., Soubeyrand, S., Thébaud, G. (2015b). Sharka epidemiyolojisi ve dünya çapında yönetim stratejileri: Çok yıllık bitkilerde hastalık kontrolünü optimize etmek için dersler çıkarmak. Yıllık Fitopatoloji İncelemeleri 53 , 357-378.
  • Saydam, C., Arslan, Ü., Ersoy, F., & Elibüyük, İ. Ö. (2018). Bursa ilinde şarka hastalığının (Plum pox virus) yaygınlığının belirlenmesi. Plant Protection Bulletin, 58(1), 1-7.
  • Scholthof, K.B., Adkins, S., Czosnek, H., Palukaitis, P., Jacquot, E., Hohn, T., Hohn, B., Saunders, K., Candresse, T., Ahlquist, P., Hemenway, C., Foster, G.D. (2011). Top 10 plant viruses in molecular plant pathology. Mol Plant P. 12: 938-954.
  • Sertkaya, G., Serçe, Ç. U., & Çağlayan, K. (2003). Detection and characterization of Plum pox potyvirus (PPV) by DAS-ELISA and RT-PCR/RFLP analysis in Türkiye. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 27(4), 213-220.
  • Şahtiyancı,Ş., (1969). Virus de la Sharka Chesla Prunier. Bulletin Phytosanitary FAO, 17: 69
  • Teber, S., Gürcan, K., Brevet, M., Palmisano, F., Candresse, T., & Dallot, S. (2023). High genetic diversity suggests a long evolutionary history of plum pox virus‐M in Turkey. Plant Pathology, 72(2), 300-311.
  • Türkiye İstatistik Kurumu (TÜİK), (2024). “Bitkisel Üretim İstatistikleri”. Türkiye İstatistik Kurumu web sayfasından erişildi: https://data.tuik.gov.tr/Bulten/Index?p=Bitkisel-Uretim-Istatistikleri-2024-53447 (Erişim tarihi: 13 Eylül 2024).
  • Ulubaş Serçe, Ç., Candresse, T., Svanella-Dumas, L., Krizbai, L., Gazel, M., & Çağlayan, K. (2009). Further characterization of a new recombinant group of Plum pox virus isolates, PPV-T, found in orchards in the Ankara province of Türkiye. Virus Research, 142(1-2), 121-126.
  • Ulubaş Serçe, U., Gazel, M., Çağlayan, K. (2011). Plum pox virus streynlerinin Türkiye’deki Dağılımı (Distribution of Plum pox virus strains in Türkiye). Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi Bildirileri, Kahramanmaraş, s72.
  • Welliver R., Valley K., Richwine N., Clement G., Albright D., 2014. Expelling a Plant Pest Invader: The Pennsylvania Plum Pox Eradication Program, A Case Study in Regulatory Cooperation. Pennsylvania Department of Agriculture, Harrisburg, PA. 48 p. https://www.agriculture.pa.gov/ Plants_ Land_Water/PlantIndustry/plant-health/PlumPox/ Documents/PA%20PPV%20Eradication%2 09-2014.pdf (Erişim tarihi: 27.04.2021)
  • Wetzel, T., Candresse, T., Macquaire, G., Ravelonandro, M., & Dunez, J. (1992). A highly sensitive immunocapture polymerase chain reaction method for plum pox potyvirus detection. Journal of Virological methods, 39(1-2), 27-37.
There are 53 citations in total.

Details

Primary Language Turkish
Subjects Phytopathology
Journal Section Araştırma Makaleleri
Authors

Nesrin Uzunoğulları 0000-0001-6165-126X

Serkan Önder 0000-0001-8954-8707

Early Pub Date June 11, 2025
Publication Date June 16, 2025
Submission Date February 20, 2025
Acceptance Date April 23, 2025
Published in Issue Year 2025 Volume: 29 Issue: 2

Cite

APA Uzunoğulları, N., & Önder, S. (2025). Marmara bölgesinde sert çekirdekli meyve ağaçlarında şarka hastalığının (plum pox virus=PPV) tespiti ve moleküler karakterizasyonu. Harran Tarım Ve Gıda Bilimleri Dergisi, 29(2), 255-268. https://doi.org/10.29050/harranziraat.1643402
 Download Cover Image

Indexing and Abstracting 

13435  19617 13436 13440 13441 13442 13443

13445 13447 13449 13464 13466


10749  Harran Journal of Agricultural and Food Science is licensed under Creative Commons 4.0 International License.