İslami İlimler Dergisi, İslam ve diğer dini ilimler kapsamına dahil olan akademik çalışmaları neşreder. İslam Tarihi, İslam İlimleri, Dinler Tarihi, Felsefe ve Din Bilimleri ile bu ilim dalıyla irtibatı bulunan ilim dallarında hazırlanmış orijinal çalışmaları yayımlar.

Makalelerin İşlem Süreçleri Aşağıdaki gibidir:
1. Aşama Makale Gönderim Kabulü
2. Aşama Makalelerin Ön İncelemelerinin Tamamlanması
3. Aşama Hakem Değerlendirme Süreci
4. Aşama Son Tashihler ve Yayım Süreci

Ön İnceleme
Yazım Kontrolü: Metinler şekil, yazım kuralları, İSNAD Atıf Sistemi'ne uygunluk açısından incelenir. Düzeltme istenen metinlerin yazarları düzeltmelerini 11 gün içinde yapmalıdır.
İntihal/Benzerlik Kontrolü: İntihal/Benzerlik Kontrolü: Metinler intihal/benzerlik oranı açısından incelenir. Yayın Kurulunca belirlenmiş intihal/benzerlik oranı %20’dir. Bu oranı aşan yazılar hakem sürecine dahil edilmeden reddedilir. İntihal/Benzerlik kontrolü Yayın Kurulu değerlendirmesinden sonra ve Dil Kontrolü sürecinden önce olmak üzere iki defa yapılmaktadır. Düzeltme istenen metinlerin yazarları düzeltmelerini; ilk kontrol için 11 gün içinde; ikinci kontrol için 4 gün içinde göndermelidir.
Dil Kontrolü: Türkçe metinler için Abstract, diğer dillerde yazılan metinler içinse Abstract ve Öz bölümlerinin gramatik kontrolü yapılır. Düzeltme istenen metinlerin yazarları düzeltilmiş metinlerini 5 gün içinde göndermelidir.
Tashih ve Redaksiyon: Metnin muhtevasına müdahale etmeden, yazarın bilgisi dâhilinde, dilsel ifade ve imlâ birliğini sağlamak açısından metnin diline ve üslubuna dair düzeltmeler yapılır. Bu aşamadan sonra yazardan düzeltme istenmez fakat son okuma için metin yazara gönderilir.

Akademik Değerlendirme
Yayın Kurulu Değerlendirmesi:
Yayın Kurulu değerlendirmesi tek aşamalıdır. Her makale editör tarafından alanı göz önünde bulundurularak bir yayın kurulu üyesine gönderilir. Yayın Kurulu değerlendirme sürecinde tek taraflı kör değerlendirme sistemi uygulanmaktadır.
Yayın Kurulu üyeleri ilk aşamada metinleri değerlendirme sürecine alınabilecekler ve reddedilecekler olarak ikiye ayırır.
Yayın Kurulu üyeleri Yayım Kurulu Değerlendirme Kriterlerinde belirtildiği şekilde makaleleri değerlendirir.
Editörün görevlendirme hususunda temel kriteri alan editörünün değerlendirmelerin alanında çalışma yapıyor olmasıdır.

Hakem Değerlendirmesi:
Metinler, yayın kurulu tarafından belirlenen hakemler tarafından çift taraflı kör hakemlik doğrultusunda akademik değerlendirmeye tabi tutulur. Hakem değerlendirme sürecinde, hakemin talebi olursa, metin düzeltmeler için iki defa yazara gönderilir. Yazarların düzeltilmiş metinleri her düzeltme talebi için 8 gün içinde göndermesi gerekir. Yazarın düzeltilmiş metinle beraber Yazar Düzeltme Formunu da doldurması gerekmektedir. Aynı makale için olumlu ve olumsuz hakem raporları mevcut olduğunda çalışma üçüncü bir hakeme gönderilerek hakemin kararı doğrultusunda karar alınır. Bir çalışmanın dergimizde yayımlanabilmesi için en az iki hakemin olumlu görüş bildirmesi gerekmektedir. 
Yazarların, dergi yayım sürecinin sorunsuz işlemesi açısından, düzeltmeler için verilen tarihleri aşmaması önem arz etmektedir.
Belirlenen tarihler içinde düzeltmelerini yapmayan yazarların metinleri değerlendirme sürecinden çıkarılır. Hakem değerlendirmesi sonucunda bir ret bir de majör revizyon alan çalışma reddedilir.

Yayım Süreci
Teknik, akademik ve dilsel incelemelerden geçen makaleler, Yayın Kurulu’nda incelenerek nihai yayın durumu karara bağlanır. Üyelerden itiraz gelmesi hâlinde Kurul, oy çokluğu ile karar verir. Yayın Kurulu tarafından yayımlanması kararlaştırılan çalışmaların dizgi ve mizanpajı yapılarak yayımlanır.